趙貞吉致仕這件事，發(fā)生在高務(wù)實(shí)剛剛離京不久，是由于葉夢(mèng)熊等御史阻撓封貢，皇帝一怒之下提出今年的京察同時(shí)要考察科道，結(jié)果因?yàn)橐稽c(diǎn)點(diǎn)陰差陽(yáng)錯(cuò)，引起了趙貞吉的不滿而最終鬧大的，此事前文有述，不再贅。

當(dāng)時(shí)趙貞吉使人彈劾高拱，說(shuō)他堅(jiān)持考察科道是要為隆慶元年去職一事進(jìn)行打擊報(bào)復(fù)，高拱因?yàn)閳?jiān)持要先把事情辦妥再跟趙貞吉計(jì)較，強(qiáng)行壓住了門下弟子們的反擊。

待到考察事竣，吏科都給事中韓楫忍不住了，上疏論趙貞吉庸橫，請(qǐng)罷之。趙貞吉疏辯，說(shuō)韓楫是高拱私黨，排擊異己。

當(dāng)時(shí)趙貞吉得知自己被韓楫彈劾，勃然大怒，上疏力辨說(shuō)：“人臣庸則不能橫，橫非庸臣之所能也。往奉特旨，命臣兼掌都察院事，臣所以不敢致辭者，竊思皇上任高拱以內(nèi)閣近臣而兼掌吏部，入?yún)⒚芪?，外主銓選，權(quán)任太重。雖無(wú)丞相之名，而有兼總之實(shí)，即古丞相亦不是過(guò)。此圣祖之所深戒，而垂之訓(xùn)典者?；噬衔家跃V紀(jì)彈壓之司，與之并立，豈非欲以分其勢(shì)而節(jié)其權(quán)耶？今且十月矣，僅以此考察一事與之相左耳。其他壞亂選法，縱肆大惡，昭然在人耳目者，尚禁口不能一。有負(fù)任使如此，臣真庸臣也。

若拱者，可謂橫也已。夫楫乃背公私黨之人，而拱之門生，其腹心羽翼也。他日助成橫臣之勢(shì)，以至于摩天決海而不可制，然后快其心，于此已見(jiàn)其端矣……因請(qǐng)還拱內(nèi)閣，勿再預(yù)吏部事?！?

趙貞吉這是在自辯疏里彈劾高拱以大學(xué)士兼掌銓務(wù)有違祖制，那高拱就不得不自辯了，于是上疏說(shuō)：

“夫考察科道，圣諭也，在上必有獨(dú)見(jiàn)。豈皇上為此敕旨，故假臣以報(bào)復(fù)之地耶？又豈臣之力敢請(qǐng)乞皇上為此以遂其報(bào)復(fù)耶？此圣心所明，與臣何預(yù)？況今考察畢事久矣，曾否報(bào)復(fù)，其事具在，不惟在朝之人知之，四海之人皆知之矣，臣無(wú)庸辯也。至謂臣‘壞亂選法，縱肆大惡’，不知臣曾壞何法，縱肆何事？如其然，國(guó)家自有憲典，安所逃罪？如其不然，天下自有公論，安可厚誣？臣亦無(wú)庸辯也……乃今以韓楫之奏，遂反詆臣。夫使楫之奏果是為臣，則前給事中張鹵、魏華明，御史王友賢、蘇士潤(rùn)皆曾劾貞吉者，又何為乎？其理自明，臣亦無(wú)庸辯也。

至謂臣‘當(dāng)復(fù)還內(nèi)閣，不得久專大權(quán)’。夫身任重權(quán)，臣之所甚懼也。求謝事權(quán)以圖保全，臣之所以日夜惓惓在念者，特恐有違圣托而不敢以為也。今貞吉乃為臣至此，則所以得免于顛危矣。但臣本庸劣，分當(dāng)引退，不當(dāng)?shù)蠼鈾?quán)而止，愿特賜罷免?！?

高拱這道疏辯很有力道，大意是：

考察科道是皇帝的旨意，難道皇帝為了讓我有機(jī)會(huì)“報(bào)復(fù)”所以特地下旨？至于你說(shuō)我壞法、縱肆，請(qǐng)你舉證，如果我真做過(guò)，自然有國(guó)法治我之罪，如果沒(méi)有做過(guò)，天下人自有公論。你因?yàn)轫n楫是我門生而彈劾了你，就反過(guò)來(lái)污蔑我，那我請(qǐng)問(wèn)給事中張鹵、魏華明，御史王友賢、蘇士潤(rùn)等人都曾因此彈劾你，難道他們也是我的門生？

至于兼掌吏部，我也不想兼掌，實(shí)在是辭不掉啊，既然又被彈劾，那我繼續(xù)請(qǐng)辭。而且，既然你覺(jué)得我權(quán)力太大，甚至“摩天決海而不可制”這么嚴(yán)重了，我干脆連大學(xué)士一起辭了，回家養(yǎng)老，這總行了吧？

然后高拱就按照大明慣例在家等待圣裁，不去內(nèi)閣和吏部視事了。

事情到了這一步，相當(dāng)于高拱以請(qǐng)辭來(lái)表明態(tài)度，皇帝就必須做出抉擇了。

于是，隆慶的手詔下來(lái)了，一道給高拱，說(shuō)：“卿輔政忠勤，掌銓公正，朕所眷倚，豈可引嫌求退？宜即出安心供職，不允辭?！?

另一道給趙貞吉，“使貞吉?dú)w”——你辭職回家養(yǎng)老吧。

隆慶帝不是那種政治水平低下的小皇帝、呆皇帝，他心里自有一本賬。隆慶四年高拱起復(fù)回京的時(shí)候，就辭“掌管吏部事”，說(shuō)：“吏部統(tǒng)馭百僚，為天子平均四海。……至如臣者，豈其人哉？”