要組建南方臨時(shí)政府用以對(duì)抗北洋，最主要的工作就是組建一支統(tǒng)一指揮的南方聯(lián)軍，剩下的民政事務(wù)這些都是次要的，實(shí)際上這也是無法完全南方諸省的實(shí)際民政事務(wù)統(tǒng)一，現(xiàn)在不管是陸榮廷還是唐繼堯斷然是不會(huì)把地盤交出來接受中央派遣的官員進(jìn)駐，頂多就是接任中央的對(duì)他們都任命而已，這一點(diǎn)不管是軍事還是民政上都是如此。

所以某種程度上來說，這三家軍閥的聯(lián)合只是名義上承認(rèn)陳敬云的中央領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，然后實(shí)際上采用聯(lián)盟的方式形成一個(gè)統(tǒng)一的南方政府，組建南方聯(lián)軍用以對(duì)北洋作戰(zhàn)。

實(shí)際上這些相關(guān)事務(wù)早在陳敬云拉攏唐繼堯和陸榮廷的時(shí)候就已經(jīng)進(jìn)行了多次談判，并且已經(jīng)在陳敬云在南京重立國(guó)會(huì)之前就已經(jīng)取得了談判結(jié)果，重新南京國(guó)會(huì)以及后續(xù)陳敬云就職臨時(shí)政府大元帥不過是過場(chǎng)而已。

根據(jù)陳敬云和唐繼堯，陸榮廷三人之前達(dá)成的協(xié)議，組建南方中華民國(guó)臨時(shí)政府后，以南京為首都，以陳敬云為最高統(tǒng)帥，至于陳敬云要當(dāng)總統(tǒng)還是什么執(zhí)政又或者是總理都是他陳敬云自己的事，唐繼堯和陸榮廷沒什么心思去管，畢竟那只是一個(gè)名稱不同而已，誰敢說陳敬云當(dāng)大元帥就不是南方聯(lián)軍的最高領(lǐng)導(dǎo)人了。

除了承認(rèn)陳敬云為南方聯(lián)軍最高統(tǒng)帥外，剩下最主要的就是軍隊(duì)事務(wù)的整編安排了，南方臨時(shí)政府要和北洋在全國(guó)范圍內(nèi)全面對(duì)抗，沒有一支統(tǒng)一指揮的聯(lián)軍是不行的，雖然主力還是得靠國(guó)民軍，但是也不能缺少桂軍和滇軍的加入。

而根據(jù)陳敬云和唐繼堯、陸榮廷達(dá)成的協(xié)議，組建中央陸軍后，將會(huì)仿效國(guó)民軍現(xiàn)有的方式設(shè)置多個(gè)軍，在軍下轄數(shù)個(gè)師，負(fù)責(zé)一個(gè)戰(zhàn)線的戰(zhàn)事。由于桂軍和滇軍的數(shù)量相差有些大，所以編成的時(shí)候桂軍會(huì)得到一個(gè)軍的編制，滇軍會(huì)得到兩個(gè)軍的編制，兩者的下屬主力野戰(zhàn)部隊(duì)都會(huì)加入到這三個(gè)軍來，剩下的部分地方部隊(duì)將交由各省新設(shè)立的守備司令部管轄。而且滇軍和桂軍也不需要去改變現(xiàn)有的編制，將會(huì)保持現(xiàn)有編制不必和國(guó)民軍一樣全部編成三團(tuán)制部隊(duì)。

除了編制外，臨時(shí)政府還需要承擔(dān)一部分的滇軍和桂軍的后勤補(bǔ)給，主要是彈藥和其他軍事物資方面，并且陳敬云還答應(yīng)在三個(gè)月內(nèi)給他們陸續(xù)提供相當(dāng)數(shù)量的步槍，少量火炮。

這些相關(guān)談判持續(xù)了整個(gè)六月，并且在陳敬云就職大元帥之前就已經(jīng)確定了下來，所以陳敬云一就職大元帥后，立即下令整編南方各省軍隊(duì)，組建中央陸軍。

原國(guó)民軍按照原有四個(gè)軍的編制以及各師旅番號(hào)，依次改編為中央陸軍第一軍、第二軍、第三軍、第四軍。各師旅的番號(hào)也將前面的國(guó)民軍三個(gè)字去掉，換成中央陸軍，依次為中央陸軍第一師、中央陸軍第二師、中央陸軍第三師中央陸軍第十一師；中央陸軍第一混成旅、中央陸軍第二混成旅中央陸軍第五混成旅，一共十一個(gè)師，五個(gè)混成旅。警衛(wèi)師暫不列入中央陸軍行列，而改為統(tǒng)帥部直屬，正式番號(hào)為統(tǒng)帥部警衛(wèi)師。

說起來也有意思，那就是這南方聯(lián)軍的正式番號(hào)是和北洋軍的正式番號(hào)一樣的，都是中央陸軍第某某師，中央陸軍第某某混成旅。不過正式番號(hào)如此，但是人們說的時(shí)候還是沿用北洋軍，南邊的稱之為南方軍。

陳敬云的嫡系部隊(duì)國(guó)民軍番號(hào)只是變動(dòng)了幾個(gè)字而已！同樣的桂軍和滇軍變動(dòng)的也不大，給予桂軍的番號(hào)是中央陸軍第五軍，陸榮廷自然是軍長(zhǎng)，原桂軍的六個(gè)師雖然是仿效的北洋編制，但是不管人數(shù)還是火力都是嚴(yán)重不足的，一個(gè)師的人數(shù)不過七八千人。如此情況下，就給了第五軍三個(gè)師的番號(hào)，分別是第十二師、第十三師、第十四師。至于陸榮廷自己怎么分配這三個(gè)師的番號(hào)那是他自己的事情。

陸榮廷也干脆，當(dāng)即就是把三個(gè)人數(shù)和裝備較好的三個(gè)師改編為中央陸軍師，然后剩下三個(gè)師被抽調(diào)了部隊(duì)人員和裝備后縮編為三個(gè)混成旅，并向陳敬云要了三個(gè)混成旅的編制，陳敬云也不阻攔，直接批準(zhǔn)了陸榮廷的的要求給了第六、第七、第八混成旅的編制。使得第五軍擁有了三個(gè)師，三個(gè)混成旅的部隊(duì)，總兵力高達(dá)四萬余人。